Assim que se dá por encerrado a 2ª Grande Guerra, uma nova fase inicia-se na história da imigração japonesa no Brasil, a de fixação definitiva.
Nesse período, os imigrantes solicitam a vinda de missionários budistas do país de origem, de acordo com a tradição ou escola budista à qual pertenciam, desde os tempos de seus antepassados.
Uma destas Escolas, a Soto Zen, instalou-se no Brasil em 1955 quando da visita do Abade Superior Rosen Takashina, a convite de imigrantes que solicitaram a sua visita a fim de dar início à missão. O templo foi instalado numa casa alugada, no Bairro da Liberdade, em São Paulo, e mais tarde foi transferido para a atual sede, na rua São Joaquim, 285.
Com a chegada do Superior Ryohan Shingu, em 1956, os ensinamentos e a prática do budismo Soto Zen começam a ser divulgados, atraindo não apenas seus antigos seguidores, que procuravam homenagear os antepassados, nos ofícios religiosos, como também outros, nem sempre descendentes, nas sessões de meditação zazen e nos retiros, conhecidos por sesshin. Foi o próprio Ryohan Shingu que fundou a Comunidade Budista Soto Zenshu, a fim de melhor atender os interessados na religião, na ética e na estética Zen.
O que no início parecia um templo unicamente para a coletividade nipo-brasileira, o interesse dos ocidentais pelo Zen e os convites para o Superior Shingu participar de entrevistas transformou em um centro divulgador do próprio Zen. Ryohan Shingu transmitiu a ordenação a inúmeros monges – brasileiros, imigrantes e seus descendentes –, que se tornaram seus discípulos.
No início da década de 1960 muitas pessoas que não se contentavam com o limitado acesso ao Zen obtido por meio de livros passaram a buscar na casa da rua São Joaquim a experiência concreta da prática. Nada naquele soturno prédio antigo do início do século passado fazia menção a um templo, mas nos fundos, todos os sábados, o som dos tambores ressoava entre os passos meticulosos do dirigente da sessão de zazen.
Com o falecimento do Superior Ryohan Shingu em 1986, após enfrentar um longo período de enfermidade, o Templo Busshinji recebeu no final dos anos 1980 o Superior Shunkyo Aoki. Templo Busshinji, a matriz da Escola Zen Soto na América do Sul, ainda estava instalado numa construção antiga e inadequada. Foi quando, enviado pelo Escritório Central com aval do então Abade do Mosteiro Eiheiji, honorável Renpo Niwa, chegou ao Brasil em 1993 o reverendo Daigyo Moriyama, a fim de proceder a edificação de um novo templo. A atual construção foi devidamente inaugurada em 1994, com a vinda dos representantes de vários templos do Japão, entre eles os de Eiheiji e Sojiji.
Em 2008, sob a direção do Superior Dosho Saikawa, tiveram início as obras do Pavilhão do Espelho, que expandirão as instalações do Templo, oferecendo instalações adequadas para treinamento e prática de monges e leigos.
O Templo Busshinji é sede da Missão da Soto Shu para a América do Sul.